Marsilio và Jean de Jandun, đôi khi được coi là đồng tác giả của Defensor pacis, đã rời khỏi nước Pháp để đến phụng sự triều đình của Ludwig ở xứ Bayern. Ludwig đã thu nhận Marsilio và Jean vào phe cánh của mình. Những người khác cũng được sự bảo hộ của ông, bao gồm Michael xứ Cesena và triết gia kinh viện William xứ Ockham, người bênh vực cho một hình thức tách rời thần quyền và thế quyền. Năm 1326, Marsilio hộ tống Ludwig đến Ý và đích thân thuyết pháp và cho lưu hành những tác phẩm công kích giáo hoàng. Lãnh chúa Milano Galeazzo I Visconti bị phế truất vì nghi là kẻ thông đồng với John XXII, và Ludwig đường đường chính chính đăng quang ngôi Vua nước Ý tại thành Milano vào năm 1327.

Tháng Giêng năm 1328, Ludwig tiến quân vào Roma và được nguyên lão già cả Sciarra Colonna, với danh xưng thuyền trưởng của người La Mã tôn lên ngôi hoàng đế. Ba tháng sau, Ludwig đã ban hành một sắc lệnh tuyên bố "Jacque de Cahors"—Giáo hoàng John XXII—bị phế truất vì lý do dị giáo. Sau đó hoàng đế cho lập Franciscan Pietro Rainalducci lên làm giáo hoàng lấy hiệu là Nicholas V. Nicholas bị lật đổ sau khi Ludwig rời khỏi Roma vào năm 1329.

Tại xứ Bayern, với tư cách là giáo chức đại diện đế quốc, Marsilio đã bức hại thành phần giáo sĩ vẫn còn trung thành với John XXII. Để tưởng thưởng cho công lao của ông vì đế quốc, triều đình lập tức bổ nhiệm Marsilio làm Tổng giám mục Milano,[11] và Jean thành Jandun được Ludwig IV phong làm giám mục Ferrara.

Marsilio còn sáng tác một bài tiểu luận khác có nhan đề De translatione [Romani] imperii, mà một số chuyên gia coi là sắp xếp lại một tác phẩm tương tự của Landolfo Colonna gọi là De jurisdictione imperatoris in causa matrimoniali. Tác phẩm này, và biến thể của Marsilio, đã tìm cách biện minh cho thẩm quyền duy nhất của hoàng đế trong các công việc liên quan đến hôn sự: Ludwig xứ Bayern gần đây đã hủy bỏ cuộc hôn nhân của con trai Vua xứ Böhmen.

Marsilio qua đời ở Munich khoảng năm 1342, vẫn không chịu hòa giải với Giáo hội.